GRIN针内窥显微镜用于深度组织成像，可以将微米级的组织图像传递到针尖内窥显微镜的另一端。它们多数是用于多光子荧光成像（设计波长860nm）或者落射荧光成像（设计波长520nm）。
内窥显微镜可生产成GRIN单透镜，两侧面NA都是0.5；或者生产成GRIN双透镜，其物镜NA等于0.5，像方NA等于0.19。物方工作距离规定为水中或者组织中，像方为空气。双透镜长度不同，因为在GRIN转像透镜（NA=0.19）上增加了0.5周期长度。
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