一、实验试剂:
1.CTAB抽提液:
2%(w/v)CTAB
100 mmol/L Tris-HCl(pH8.0)
20 mmol/L EDTA(pH8.0)
1.4 mol/L NaCl
抽提含多酚较多的植物材料时(比如木本植物),上述抽提液中可另加入2%的PVP(聚乙烯吡咯烷酮)。
抽提液于室温保存,可在几年内保持稳定。临用之前向装有上述抽提液的试管中加入约2%-3%(v/v)的β-巯基乙醇。
2、醋酸钠:
3 mol/L NaAc
用冰乙酸调pH值至4.8-5.2。
3、TE溶液:
4、其它:
无水乙醇,异丙醇,75%乙醇,酚:氯仿:异戊醇(25:24:1),氯仿:异戊醇(24:1),β-巯基乙醇,重蒸水。
二、实验步骤
1. 样品研磨
1) 取1g的样品放入2ml ep管中
2) 加入1-2粒5mm研磨珠
3) 加入1ml的CTAB 抽提液
4) 将加有样品的ep管放入高通量组织研磨仪的适配器中,盖好
5) 将研磨转速调到1800,设定研磨时间为90秒(可根椐样品的研磨的难易程度来调节,此数据是以银杏落叶为样本得出)
6) 启动研磨仪对样品进行研磨(根据不同的样品,本身性质不同,需要对研磨频率和研磨时间进行适当的调整)
2. DNA的粗提
1) 将研磨好的样品取出于65℃水浴45min,中途间隔(轻柔)振荡三次混匀
2) 冷却后加入等体积氯仿:异戊醇(24:1),轻柔颠倒混匀使乳化10min
3) 7000g-8000g离心10min(18-20℃)
4) 吸取上清于另一干净的离心管中
5) (根据需要可用氯仿:异戊醇如上法重复抽提一次,吸取上清)
6) 加入与上清液等体积(且已于-20℃预冷的异丙醇,颠倒混匀,约1至2分钟后应有白色絮状沉淀出现(若没有,则加入上清液1/5至1/10体积的pH4.8-5.2的3M NaAc,混匀,于-20℃冰箱中沉淀30min)
7) 离心法沉淀DNA
8) 在75%乙醇中漂洗DNA数分钟以上,用Tip头吸干乙醇
9) 用1ml 75%乙醇再漂洗一次
10) 沉淀于室温或64℃以下的恒温箱中干燥片刻至刚出现半透明,不要过度干燥
11) 用50μlTE溶解沉淀,可用65℃水浴助溶,DNA粗提物可用于粗略PCR等。
3. DNA的纯化
1) 向TE溶解的DNA粗提物中入4-10μl RNaseA(约40-100μg)
2) 于37℃酶解RNA 1hr或65℃酶解RNA 30min以上
3) 加入50μl酚:氯仿:异戊醇(25:24:1),轻轻颠倒混匀10min
4) 10000g以上常温离心10min,吸取上清
5) 加入50μl仿氯:异戊醇(24:1)轻轻颠倒10min
6) 10000g以上常温离心10min,吸取上清 (根据需要可重复用氯仿:异戊醇如上法再抽提1-2次,以充分去除蛋白和酚)
7) 向上清中加入1/5-1/10体积的pH4.8-5.2的3M NaAc,并加入2.5倍体积无水乙醇,于-20℃沉淀30min以上
8) 12000g、4℃低温离心10min,吸干液体
9) 沉淀用75%乙醇漂洗二次
10) 沉淀于室温或64℃以下恒温箱中干燥片刻至刚开始出现半透明状,勿过度干燥加入50μl重蒸水溶解DNA,可于65℃水浴助溶
11) 取5μl DNA电泳检查DNA的质量
12) 100-500倍稀释后于分光光度计上测定OD260及OD280,分析DNA的浓度和质量
13) 保存DNA于-20℃
补充:如果需要提取的样品比较多(比如1g),研磨好的样品在后续的提取中,需要转移到大的epp管中,研磨时可以加入较少的抽提液,研磨完毕按照1g样品10ml提取液补充抽提液,进行后续的操作。
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